سیستم کنترل داخلى مورد عمل در هر دستگاه از دو لحاظ در حسابرسى آن مورد توجه قرار مى‌گیرد. نخست آنکه در چند دههٔ اخیر، رسیدگى به کنترل‌هاى داخلى برقرار شده در دستگاه مورد رسیدگى جزء استانداردهاى پذیرفته شده و متداول حسابرسى قرار گرفته و به‌طورى که گفتیم حسابرس مکلف است رسیدگى‌هاى خود را بر اساس اصول و موازین قبول شده و متداول حسابرسى انجام داده و این موضوع را در گزارش خود تصریح کند. دوم آنکه به‌طورى که ذیلاً شرح داده خواهد شد چگونگى کنترل داخلى و قوّت یا ضعف آن در عمل، تا اندازهٔ بسیار زیادى در نوع رسیدگى‌هاى مورد لزوم حسابرسى و دامنه و عمق این رسیدگى‌ها مؤثر است و بنابراین قبل از شروع به عملیات حسابرسی، لازم است حسابرس قوت و یا ضعف سیستم کنترل داخلى برقرار شده در سازمان مورد رسیدگى را بررسى نموده و برنامهٔ حسابرسى خود را با توجه به آن تنظیم نماید
این تعریف بسیار جامعى است که به اختصار بیان شده است. بحث کنترل داخلى از جمله مباحث بسیار مهم و گستردهٔ علوم مالى است. شاید تا مدتى بعد از جنگ جهانى دوم مفهومى که از عبارت کنترل داخلى موردنظر بود بسیار متفاوت از تعریف فوق و بسیار محدودتر از آن بود. در آن موقع منظور از کنترل داخلى عبارت بود از تقسیم وظایف و مسؤولیت‌ها بین کارمندان مالى و حسابدارى دستگاه به‌طورى که انجام هر عمل مالى و حسابدارى و ثبت هرگونه معامله در دفاتر حسابدارى از آغاز تا پایان کار به وسیلهٔ یک نفر صورت نگرفته، بلکه در مراحل مختلف، اشخاص دیگرى نیز به‌نحوى در عمل دخیل گردند، به‌طورى که کارهائى که هر شخص انجام مى‌دهد به‌طور مستقیم یا غیرمستقیم توسط شخص دیگرى کنترل گردد. هدفى که از این کار موردنظر بود صرفاً جلوگیرى از اشتباهات و تقلّبات حسابدارى و در نهایت حفظ دارائى‌ها در مقابل سوءاستفادهٔ مدیران و یا کارکنان بود. بدین ترتیب کنترل داخلى اغلب به عملیات مالى و حسابدارى محدود گردیده و سایر عملیات دستگاه را با وجود اثرات مهم مالى آنها از نظر دور مى‌داشت. براى مثال با آنکه به حفاظت از موجودى‌هاى جنسى در مقابل سوءاستفاده (دزدی) اهمیت زیادى داده مى‌شد، حفاظت از موجودى‌ها در مقابل ضایعات یا نابابى و یا حفاظت از آنها در مقابل عدم کارآئى عملیاتى واحدها و ادارات داخلى با وجود آنکه ممکن است خساراتى به مراتب بیش از سرقت بعضى از اقلام کالا به دستگاه وارد آورد در برقرارى کنترل‌ها مورد توجه قرار نمى‌گرفت
ولى به تدریج که مسئلهٔ کنترل داخلى مورد تجزیه و تحلیل بیشتر علمى و عملى قرار گرفت، اهمیت عملیات غیرمالى دستگاه از لحاظ برقرارى یک سیستم کنترل داخلى جامع و مطلوب آشکار گردید و در نتیجه کنترل داخلى مفهوم وسیع‌ترى یافته و جنبه‌هاى دیگرى را نیز که در تعریف فوق دیده مى‌شود در برگرفت. به‌طورى که از این تعریف بر مى‌آید کنترل داخلى تنها به امورى که عرفاً امور مالى و حسابدارى شناخته شده‌اند محدود نگردیده و دامنهٔ بسیار وسیعى دارد. هرگونه مقررات، دستورات و کنترل‌هائى که به‌نحوى از انحاء در حفاظت از دارائى‌ها در مقابل سوءاستفاده، ضایعات و عدم کارآئى واحدها و یا در نگاهدارى مدارک مالى و ادارى و عملیاتى دقیق و قابل‌اطمینان و بالاخره در جهت نظارت کلى بر امور و بهبود هر یک از روش‌هاى دستگاه و افزایش کارآئى آن مؤثر باشد جزئى از کنترل داخلى دستگاه را تشکیل مى‌دهد
کسب اطلاع از کنترل‌هاى داخلى
کسب اطلاع از کنترل‌هاى داخلى مؤسسه مورد رسیدگى از سه طریق پرسش، آزمایش و مشاهده امکان‌پذیر است. بسیارى از روش‌هاى کنترل داخلى مؤسسه مورد رسیدگى ضمن انجام عملیات حسابرسى به وسیلهٔ مشاهدهٔ عینى مورد توجه حسابرس قرار خواهند گرفت. مثلاً حسابرس ضمن بازرسى از انبار، چگونگى کنترل‌هاى مربوط به تحویل و ثبت اولیهٔ مواد صادره از انبار را از نزدیک مشاهده خواهد کرد و یا ضمن بررسى اسناد و اوراق حسابدارى مؤسسه خواهد دید که آیا کلیهٔ پرداخت‌ها با تصویب مقامات مجاز به‌عمل مى‌آید یا نه. بسیارى از روش‌هاى دیگر کنترل داخلى ضمن آزمایش‌هائى که حسابرس براى رسیدگى به جنبه‌هاى مختلف عملیات مؤسسه به‌عمل مى‌آورد معلوم مى‌شوند. مثلاً ضمن آزمایش فاکتورهاى خرید، وجود و اجراء مرتب رویه‌هاى مشخصى براى کنترل محاسبهٔ فاکتورها و یا کسر کلیهٔ تخفیفات متعلّقه و نظایر آن معلوم خواهد شد
مع‌هذا باید در نظر داشت که در نخستین بارى که حسابرس براى رسیدگى به حساب‌هاى مؤسسه‌اى مأموریت مى‌یابد، قبل از تهیهٔ برنامهٔ حسابرسى خود هنوز دست به‌کار رسیدگى‌هائى نشده است که در نتیجهٔ مشاهدات عینى و یا آزمایش‌هاى حسابرسى خود از چگونگى کنترل‌هاى داخلى مؤسسه اطلاع حاصل نماید. از سوى دیگر براى تهیه و تنظیم یک برنامهٔ حسابرسى خوب، اطلاع از چگونگى سیستم کنترل داخلى سازمان تحت حسابرسى از نکات بسیار مهم است. براى رفع این مشکل ممکن است اطلاعات لازم در مورد کنترل‌هاى داخلى مؤسسه را از طریق پرسش از مقامات و کارکنان مسؤول و وارد مؤسسه به‌دست آورد. همین‌طور در کلیهٔ موارد دیگرى که اطلاع کامل از کلیهٔ جهات کنترل داخلى از طریق مشاهدات عینى یا آزمایش‌هاى حسابرسى مقدور نیست پاسخ به سؤالات مربوط از طریق پرسش از این مقامات به‌دست مى‌آید. البته باید دانست در چنین موارد حسابرس صرفاً به گفتهٔ مقامات و کارکنان مربوط اتکاء نمى‌نماید، بلکه پاسخ‌هاى داده شده را با توجه به جهات دیگر سیستم کنترل داخلى و تجربهٔ خود در موارد مشابه و بالاخره قضاوت شخصى خویش ارزیابى مى‌نماید.