این مسجد بىنظیر هم که شاهکار دیگرى از معمارى و کاشىکارى قرن یازدهم هجرى است به فرمان شاه عباس اول در مدت هیجده سال بنا شده و معمار و بناى مسجد استاد محمدرضا اصفهانى بوده است. تزئینات کاشىکارى آن در داخل از ازاره ها به بالا همه از کاشىهاى معرّق پوشیده شده است. باستان شناسان خارجى در مورد عظمت معمارى این مسجد گفته اند: «به سختى مىتوان این بنا را محصول دست بشر دانست». شیخ لطف الله ازعلمای بزرگ شیعه در لبنان امروزی بود که به دعوت شاه عباس اول در اصفهان اقامت گزید. این مسجد به منظور تجلیل از مقام او و برای تدریس و نمازگزاری وی احداث شد.
مسجد شیخ لطف اللهیکى از زیباترین آثار تاریخى اصفهان که چشم هر تماشا کنندهاى را خیره مىکند و نسبت به هنرمندانى که در انجام آن دخیل بودهاند به اظهار تحسین و اعجاب وا مىدارد مسجد شیخ لطف الله است که در ضلع شرقى میدان نقش جهان و مقابل عمارت عالى قاپو واقع شده و به واسطه کاشیکاریهاى معرق داخل و خارج گنبد و کتیبههاى بسیار زیباى خط ثلث که مقدارى از آنها به خط علیرضاى تبریزى عباسى است از زیبایى و ظرافت کمتر نظیر دارد. این مسجد که شاهکارى از معمارى و کاشیکارى ایران در نیمه اول قرن یازدهم هجرى است به فرمان شاه عباس اول ساختمان آن شروع شده و سر در زیباى آن در سال 1012 هجرى به پایان رسیده است. سال اتمام بناى مسجد و تزیینات کاشیکارى آن و نام استاد سازنده آن در داخل محراب معرق نفیس مسجد به خط نستعلیق سفید بر زمینه کاشى لاجوردى به این ترتیب ذکر شده است
عمل فقیر حقیر محتاج به رحمت خدا محمد رضا بن استاد حسین بناى اصفهانى 1028
درباره وجه تسمیه مسجد شیخ لطف الله باید گفت که شیخ لطف الله اصلاً که از مردم میش از قراى جبل عامل یعنى جبل لبنان حالیه بوده است و خاندان او همه از فقهاى امامیه بوده اند چنانکه پدر وجد وجد اعلاو پسرش همه به این عنوان اشتهار داشته اند. به مناسبت سعى بى اندازه پادشاهان صفوى در ترویج احکام مذهب تشیع و تشویق و اکرام فقهاى آن، شیخ لطف الله میسى عاملى نیز مانند جمع کثیر دیگرى از علماى بحرین و جبل عامل در اوایل عمر از موطن خود به قصد ایران عازم شد و ابتدا در مشهد مقدس اقامت گزید و در آنجا پس از استقاضه از محضر علماى ارض اقدس از حمله ملا عبدالله شوشترى از جانب شاه عباس بزرگ به خدمت آستانه رضوى برقرار گردید و تا تاریخ فتنه ازبکان و دست یافتن ایشان بر مشهد در آن شهر مقیم بود. سپس از شرایشان به قزوین پناه جست و در آنجابه کار تدریس مشغول شد، شاه عباس او را از قزوین به اصفهان آورد و در سال 1011 هجرى در جنب میدان نقش جهان مدرسه و مسجدى را که هنوز هم به نام او شهرت دارد براى محل تدریس و اقامت و امامت وى پى نهاد و انجام این کار تا 1028 هجرى طول کشید و در حین اتمام همین ساختمان بود که شاه عباس در قسمت جنوبى میدان نقش جهان که اکنون به نام میدان شاه شهره است طرح انشا جامع اعظم پادشاهى یعنى مسجد شاه را ریخت. بعد از آنکه مدرسه و مسجد شیخ لطف الله براى تدریس و نمازگزارى او مهیا گردید. این مرد جلیل محترم در آن مدرسه که امروز وجود ندارد مقیم شد و در مسجدى که براى معرفى آثار هنرى ایران خوشبختانه صحیح و سالم مانده و آرزمندیم قرنهاى دیگر نیز با مراقبت فرزندان ایران جاویدان بماند، به امامت و تدریس مشغول گردید و شاه عباس براى وجه معاش او وظیفهاى معین و مقرر داشت. تاریخ وفات شیخ لطف الله را مولف کتاب مجمل التواریخ در سال 1032 یعنى در همان سالى که بغداد به تصرف شاه عباس درآمده است مىنویسد. همچنین در عالم آراى عباسى تاریخ فوت او را مولف این کتاب در ذیل واقع سال 1032 آورده است و صریحاً مىگوید که شیخ لطف الله میسى جبل عاملى در اوایل این سال و قبل از سفر دارالسلام بغداد که هنوز ایات جلال در ییلاقات فیروزکوه بود در اصفهان مریض گشته به عالم بقا پیوست. یکى از شخصیتهاى بزرگ هنرى ایران که نام او در مسجد شیخ لطف الله مخلد شده است علیرضاى تبریزى از خوشنویسان بزرگ زمان شاه عباس کبیر است که کتیبه سردر مسجد و دو کتیبه بزرگ کمربندى داخل گنبد به خط زیباى اوست علیرضا چون به خدمت شاه عباس در آمد خود را علیرضاى عباسى خواند. این خوشنویس استاد نخست در تبریز شاگرد ملامحمد حسین تبریزى و علاء الدین محمد بن محمد تبریزى معروف به علاء بیک بود و خط ثلث و نسخ را نیکو مىنوشت. پس از آنکه در زمان شاه محمد خدابنده پدر شاه عباس ترکان عثمانى آن شهر را به تصرف آوردند، علیرضا از آنجا بیرون آمده و به قزوین پایتخت دولت صفوى رفت و در مسجد جامع آن شهر منزل گرفت و به کار کتابت مشغول شد و قسمتى از کتیبههاى آن مسجد را با چند قرآن در آنجا تمام کرد. علیرضا روز پنجشنبه اول شوال سال 1001 هجرى به خدمت شاه عباس درآمد و در زمره ندیمان مخصوص وى داخل شد و شاه جمعى از خوشنویسان مانند محمد رضا امامى و محمد صالح اصفهانى و عبدالباقى تبریزى را بدو سپرد تا زیردست او خط ثلث را بیاموزند. علیرضاى عباسى تا پایان عمر در زمره مقربان و ندیمان مخصوص شاه بود و در سفر و حضر در سلک مقربان شرف اختصاص داشت و به تفقدات و انعامات و نوازشهاى بى پایان شاهانه سرافراز و مفتخر و به لقب شاهنواز ملقب شد. محبت و علاقه شاه عباس به این مردهنرمند بدان پایه بود که گاه پهلوى او مىنشست و شمعى به دست مىگرفت تا علیرضا در روشنایى آن کتابت کند
پروفسور ارتور اپهام پوپایرانشناس معاصر و مشهور امریکایى که کتاب مشهود او تحت عنوان بررسى هنر ایران در شش جلد قطور تدوین شده و شهرت جهانى دارد راجع به عظمت صنعت معمارى و کاشیکارى مسجد شیخ لطف الله چنین نوشته است: مسجدى که در سمت مشرق میدان شاه و مقابل ساختمان عالى قاپو قرار دارد یکى از شاهکارهاى بینظیر معمارى است که در سراسر آسیا خود نمایى مىکند. این مسجد زیبا که همچون جواهرى درخشان در تاریخ معمارى ایرانیان مىدرخشد مسجد شیخ لطف الله نام دارد. شاه عباس بزرگ این مسجد را به افتخار پدر زن خود شیخ لطف الله که یکى از پیشوایان عالیقدر آن زمان بود بر روى خرابههایى که از بقایاى مسحد قدیمى بحار مانده بود بنا کرد. در حقیقت میدان بزرگى که قصر باشکوه عالى قاپو در یک طرف آن قرار داشت به چنین گوهرى گرانبها در برابر خود احتیاج داشت و شاید همین نکته شاه عباس را برآن داشت تا با ساختن این بنا که به سختى مىتوان آن را محصول دست بشر دانستا زیبایى میدان را به کمال رساند. در ساختمان این مسجد باردیگر استادى و مهارت هنرمندان ایرانى یک مسئله مشکل را حل کرده است بدین معنى که چون مسجد در ضلع شرقى میدان واقع است و خواه و ناخواه در ورودى مسجد به سمت مشرق میدان خواهد بود. اگر بنا بود مسجد را نیز به همین جهت مىساختند کارجهتیابى از لحاظ قبله مختلف مىشد. در اینجا با ایجاد یک راهرو که از ابتداى مدخل مسجد به سمت چپ و سپس به سمت راست مىچرخد بر این مشکل فائق آمدهاند یعنى اگر چه ساختمان مسجد در مشرق است و از نماى خارجى آن چنین بر مىآید که دیوار جبهه آن در جهت شمال به جنوب است لکن در همین محراب دیوار بنا شده که به سوى قبله است و وقتى به عظمت این فکر پى مىبریم که در بیرون مسجد اثرى از کژى و زاویه به چشم نمىخورد، اما به مجرد ورود ناچاریم قبول کنیم که صحن نسبت به نماى خارجى پیچشى دارد در صورتى که گنبد کوتاه این مسجد به علت مدور بودن جهت یا زاویه مخالفى نشان نمىدهد. این گنبد یکى از زیباترین گنبدهاى اصفهان است که از طرفى به خاطر عظمت و از طرف دیگر بر اثر تزییناتى که از زمینه کرمى (Cafe ou lait) با نقش و نگارهایى به رنگ آبى سیر تشکیل مىشود نظر هر بینندهاى را به خود جلب مى کند.