روابط قوا در جمهورى اسلامى ایران برخلاف تمامى کشورهاى دنیا به گونه اى خاص تنظیم شده است. هر چند که به ظاهر به صورت تفکیک نسبى قوا تلقى مى شود، لیکن این روابط از ویژگى هاى خاصى برخوردار است که به خوبى آن را از سایر رژیم ها متمایز مى سازد.(4)
مفهوم تفکیک قوا در مقابل «وحدت قوا»(5) به کار مى رود. این تفکیک موجب پدیدارى سازمان هاى حاکم عدیده تخصصى مى گردد که هر کدام به انجام وظیفه خاص خود مشغول اند و هیچ یک از قوا حق انجام وظیفه قواى دیگر را ندارد. سنخیت قواى حاکم، هم چنین اقتضا مى کند که هر یک از قوا، بدون برترى و دخالت یکى در قلمرو اختیارات دیگرى، کار خود را انجام دهد و هیچ یک از قوا حق سؤال، استیضاح، عزل و انحلال یکدیگر را نداشته باشد. این چنین استقلالى را اصطلاحاً «تفکیک مطلق قوا»(6) مى گویند.
نظریه تفکیک مطلق قوا، در جریان تحولات تاریخى دست خوش تغییراتى شده است که دیگر نمى توان استقلال در مفهوم آن را چندان مشاهده کرد. خطر بالقوه و بالفعلى که از ناحیه قوه مجریه و زمام دارى آن ناشى مى شود، هم قواى دیگر را تحت الشعاع «ریاست گرایى»(7) اجرایى قرار مى دهد و هم این که آزادى و امنیت فردى را تهدید مى کند.(8) دلیل این مطلب این است که در اکثر کشورهاى دنیا در بحث ارتباط متقابل قوا، قوه مجریه مشمول بیش ترین نظارت ها از سوى دو قوه دیگر قرار مى گیرد.
قانون اساسى جمهورى اسلامى ایران، در تدوین قواى سه گانه، علاوه بر ضرورت همکارى قوا، براى تأمین اهداف کلى نظام از اندیشه مذکور به دور نبوده و مراتبى از ارتباط متقابل، توأم بانظارت و مسئولیت بین قواى حاکم را پیش بینى کرده است. در اصل 57 قانون اساسى ضمن برشمرن قواى سه گانه، مقرر مى دارد که این قوا مستقل از یکدیگرند. آن گاه در اصل 58 و 59 اِعمال قوه مقننه را منحصر به مصوبات مجلس شوراى اسلامى و در مسائل مهم از طریق همه پرسى و مراجعه مستقیم به آراى عمومى بیان داشته است. هم چنین در اصل 60 قانون اساسى، اِعمال قوه مجریه به استثناى برخى از آن که مستقیماً به عهده رهبرى قرار دارد، صرفاً از طریق رئیس جمهور و وزرا اجرا مى شود و در نهایت این که اِعمال قوه قضاییه (اصل 61) را نیز فقط به عهده دادگاه هاى دادگسترى قرار داده که باید براساس موازین اسلامى تشکیل و به حل و فصل دعاوى و ... بپردازد، اما نویسندگان قانون اساسى در سال 1358 در همان اصل 57 قانون اساسى، ضمن بیان استقلال قوا آورده بودند که : «... روابط بین قواى سه گانه توسط رئیس جمهور برقرار مى گردد.» و نیزدر اصل 113 قانون اساسى آمده بوده: «... مسئولیت اجراى قانون اساسى و تنظیم روابط قواى سه گانه و ریاست قوه مجریه جز در امورى که برعهده رهبرى است، به عهده رئیس جمهور است».
بنابراین، طبق این اصول، رئیس جمهور هماهنگ کننده قواى سه گانه کشور بود، لیکن پس از بازنگرى قانون اساسى در سال 1368 و با سپرى کردن یک دهه تجربه عملى در کارهاى اجرایى، قضایى و تقنینى وضعف هایى که در قانون اساسى وجود داشت، شوراى بازنگرى قانون اساسى به فرمان امام خمینى(ره) در تاریخ 1368/2/4 تشکیل گردید و در آن در خصوص روابط قوا نیز نکاتى مورد توجه و تصویب قرار گرفت.
در قانون اساسى 68 بعد از بازنگرى، ضمن این که مسئولیت تنظیم روابط بین قواى سه گانه را از رئیس جمهور گرفته و به شخص رهبر واگذار کرده است، در اصل 57 آمده است:
«... قوه مقننه، مجریه و قضاییه زیر نظر ولایت مطلقه امر و امامت امت برطبق اصول قانون اساسى اعمال مى گردند.» هم چنین در اصل 110 قانون اساسى، ضمن برشمردن وظایف و اختیارات رهبر، در بند 7 همین اصل یکى از وظایف رهبر را «حل اختلاف و تنظیم روابط قواى سه گانه» متذکر شده است و در اصل 113 نیز این مسئولیت را از رئیس جمهور سلب کرده است.
در نظام اسلامى هرگاه سخن از تفکیک قوا یا روابط قوا به میان مى آید، به دلیل جلوگیرى از تمرکز نامشروع و فساد برانگیز قدرت است؛ زیرا که ممکن است، انسانى که شایستگى هاى لازم و توانایى هاى منطبق بر معیارهاى اسلامى را دارا مى باشد، در رأس تمامى قوا و نهادهاى جامعه اسلامى قرار بگیرد و هیچ گونه مفسده اى هم به دنبال نداشته باشد، هم چنین براساس اعتقادات شیعى، ائمه(ع) در حکومت اسلامى، حاکمان مطلق و بدون قید و شرطى بودند که تنها براساس تکلیف شرعى و الهى اداره جامعه را به عهده مى گرفتند و این امر منافاتى با تفویض امر اداره قسمتى از حکومت به دیگران نخواهد داشت و لذا است که امام (ع)، ضمن این که ریاست و فرماندهى کل قواى نظامى را به عهده داشت، ولى در عین حال نصب و عزل استانداران و فرمانروایان ولایات گوناگون را خود شخصاً انجام مى داد، هم زمان در مسجد هم به امر قضاوت مى پرداخت.(9)
پس باتوجه به این که امروزه، به علل گسترش ارتباطات و افزایش جمعیت و ... چاره اى جز تقسیم وظایف وجود ندارد، وقتى سه قوه و ارگان از یکدیگر مشخص و متمایز شدند، مسئله دیگر، روابط قواى مزبور است. به عقیده منتسکیو، چگونگى این روابط، تأثیر زیادى در تأمین آزادى دارد. از این جهت منتسکیو قائل به دو اختیار مى شود، اختیار تصمیم گیرى و اختیار مانع شدن از اجراى آن، منتسکیو مى گوید باید هر قوه بتواند در قلمرو اختصاصى خود تصمیم بگیرد، ولى قواى دیگر نیز باید بتوانند به وسایلى از اجراى آن جلوگیرى کنند، چنان که مثلاً قوه مقننه قانون را تصویب مى کند (اختیار تصمیم گیرى) اما قوه مجریه نیز مى تواند در مواردى از توشیح واجراى آن جلوگیرى کند (اختیار مانع شدن و متوقف ساختن)(10). بر همین مبنا است که قانون اساسى جمهورى اسلامى ایران پس از پذیرش مهم ترین اصل خود، یعنى اصل ولایت مطلقه فقیه عادل و جامع الشرایط که عامه مردم قبول ولایت او را بر خود لازم و واجب شمرده اند، نقطه پیوند و اتصال قواى حاکم درجمهورى اسلامى ایران را ولى فقیه و رهبر دانسته و اعمال حاکمیت قواى مزبور را صرفاً براساس نظر و نظارت رهبر مشروع و قانونى مى داند.(11)