قدیم ترین تاریخی که تاکنون در یکی از بناهای تاریخی شهر اصفهان مشکوف گردیده است (481 هجری 91088 میلادی) می باشد. تاریخ مزبور در انتهای کتیبه مدوری که قاعده گنبد کوچکتر عهد سلجوقی مسجد جمعه را زینت می دهد دیده می شود .
گنبد دیگری که شبستان محراب اصلی مسجد را می پوشاند تاریخ ندارد، لکن اسم پادشاهی که این گنبد در زمان سلطنت وی ساخته شده یعنی معزالدنیا والدین ابوالفتح ملکشاه ابن محمد بن داوود که از سال 465 تا 485 هجری (10921072) میلادی پادشاهی نموده و همچنین نام وزیرش حسن بن علی بن اسحق نظام الملک در اینجا ثبت است.
با توجه به این نکته که قدیم ترین(بخش) مسجد معمولاً شبستان محراب اصلی آن است از یک طرف و از طرف دیگر روایتی که در اصفهان محفوظ مانده و مطابق آن روایت ساختمان مسجد جامع را صراحتاُ به ملکشاه نسبت می دهند چنین به نظر می رسد که بدون احتمال خبط بزرگ بتوان برای سلطان سلجوقی فوق الذکر افتخار ساختمان معروفترین بنای دوره اسلامی ایران را قائل شد.
با وجود مراتب فوق تصورات عامه مردم درباره این مسجد نیز مانند اغلب ابنیه مهم کشور تأثیراتی داشته است.
شاردن می گوید « ایرانیان این بنا را خیلی قدیمی حساب می کنند زیرا بر طبق روایت ایشان امام رضا(ع) که یکی از امام های دوازده گانه بوده و در قرن چهارم هجری می زیسته معمولاً عبادت های خود را زیر طاقی که نام شرقی دارد بجای میاورده . قدماء اصفهان تعریف می کنند که سلطان ملکشاه که در سال 400 هجری میزیسته بانی این طاق بوده است لکن پادشاه مزبور تعمیر کننده ای بیش نبوده زیرا گنبد شمالی بنام سلطان منصور و گنبد جنوبی بنام سلطان یوسف که خیلی پیشتر زندگی می کرده مرقوم است.
در دو کتیبه فوق الذکر نیز مشهود می گردد اسمی نه از سلطان منصور و نه از سلطان یوسف در کار است و گمان می رود امام هشتم (ع) که بر خلاف گفته شاردن در قرن چهارم هجری نمی زیسته بلکه در قرن دوم از سال 148 یا 153 تا 203 هجری زندگانی می کرده به چندین علت نمی توانسته است عبادات خود را در زیر سقف شرقی مسجد بجای آورد : یکی از علل آنکه اساساً گنبد شرقی در مسجد جامع وجود ندارد و اگر مقصود از گفته شاردن ایوان شرقی باشد ایوان مزبور نیز پیش از ابتدای قرن ششم هجری ساخته نشده بوده است.
هرچند نویسندگان مشهور صحبت های بی اساس سابق الذکر را جدی تلقی کرده و تکرار نموده باشند با وجود این بطور قطع نمی توان تصور کرد که افسانه عباسی الاصل بودن مسجد جامع تا امروز دنباله پیدا کند مگر اینکه در بنیاد این اشتباه حقیقتی یا بطریقی اولی شبه حقیقتی موجود بوده باشد.
ابن حوقل ، مقدسی ، ناصر خسرو ، مافروخی ، ابن اثیر و یاقوت همگی خصوصاً چهار نفر اول شرح مسجد جمعه یهودیه را برای العین می دهند که مسجد جمعه فعلی اصفهان جانشین آن گردیده است. نویسندگان مزبور درباره این موضوع مجموعه کاملی از اطلاعات ذیقیمت فرا آورده اند که تاریخ مسجد جامع از آن اقتباس شده و قسمت اعظم تاریخچه مسجد ایرانی نیز از آن بدست آمده است ، لکن متأسفانه این نویسندگان از بنائی صحبت می دارند که مسجد جمعه اصفهان نیست. ایشان شرح مسجد نمونه عربی را می دهند که فعلاً وجود ندارد و مطلقاً اثری از آن باقی نمانده و می گویند آنرا با خشت خام ساخته بودند و بعداً بجای آن بنای فعلی به طرز ایرانی «تماماً از آجرهای خوب که در کوره پخته شده» احداث گردیده و با بنای پیشین ارتباطی ندارد الا اینکه روی همان زمین ساخته شده و هنوز هم گاهگاهی جامع عتیق خوانده می شود . بنای مسجد قدیم که ستون هائی در برداشته با حیاط چهار ایوانی مدرسه نمونه ایرانی که در اطرافش حجراتی بوده «ترکیب» یا «آلوده» نشده است .
مسجد جمعه فعلی اصفهان که در روز اول مشتمل بر بنای گنبدی شکلی به اسم ملکشاه بوده عبارت از «مخلوط اختصاصاً خوش آیندی » از عناصر ایرانی و عرب نمی باشد بلکه یک بنای خالص ایرانی است.
مسجد دوره عباسی
قدیمترین توصیفی که از مسجد دوره عباسیان در دسترس ماست شرحی است که در رساله محاسن اصفهان یافت می شود . کتاب مزبور بعقیده براوان آنطور که در چاپ تهران آن مذکور می باشد در زمان سلطنت ملکشاه گرد نیامده بلکه در 421 هجری (1030) میلادی به وسیله یکنفر اصفهانی موسوم به مضل ابن سعد این الحسین المافروخی جمع آوری شده است .
در آن هنگام اصفهان دو مسجد جامع داشت « مسجد بزرگ که قدیمی بوده و مسجد جدید که زیباتر می باشد » مسجد بزرگ مسجد جمعه یهودیه بوده است. «مسجد مذکور بتوسط اعراب دهکده طیران که از قبیله تیم بودند بنا گردید . بعداً که اصفهان در اثر الحاق پانزده پارچه آبادی وسعت پیداکرد الخصیب پسر مسلم بقعه ای در آن شهر احداث نمود که بقعه خصیب آباد نامیده می شد. در سال 226 در زمان خلافت معتصم مسجد از نو ساخته شد ، سپس ابوعلی پسر رستم در زمان خلافت المقتدر آنرا بزرگ کرد. در آنوقت مسجد شامل چهار دستگاه ساختمان بود ، این چهار دستگاه را نباید با رواقهای مسجد در چهار طرف صحن اشتباه نمود زیرا ما فروخی بعداً تصریح می کند که «به هریک از این چهار دستگاه ساختمان رواقی متصل بوده ، هریک از این رواقها به وسیله درهائی که در دیوار دالانها و کوچه های فرعی گشوده می شد ، به بازار باز می شد. » چهار دستگاه ساختمان را خانقاه ها و مدارس و متعلقات دیگری که معمول مساجد جامع بزرگ آن زمان است اشغال می کرده . نقشه بنا در آن موقع باید تقریباً همانطوری باشد که طرح ضمیمه بطور غیر دقیقی آنرا نشان می دهد . در طرح مزبور قسمتهای مخطط چهار دستگاه ساختمان را نشان می دهد ، رواقهای مجاور آنها بوسیله ستون هایشان معین گردیده . این ستونها همان جرزهای مدوری هستند که مقدسی اشاره بوجود آنها در مسجد جمعه یهودیه نموده است. بالای این ستونهای رومی بوده که بر آنها طاقهای ضربی زده شده و یا اینکه تیرهای پشت بام روی آن قرارداشته زیرا یاقوت و ابن اثیر در ضمن ذکر محاصره اصفهان بدست طغرل بیک در 3422 هجری (11050) حکایت می کنند. که هیزم به
اندازه أی نایاب بود که به مسجد جامع خرابی وارد آوردند برای اینکه تیرهایش . را بردارند و البته تصور نمیرود مقصود از تیرهای مزبور چوبهای قسمت اصلی مسجد باشد بلکه در این مورد غرض از جامع باید آنچه را که مافروخی شرح می دهد در نظر گرفت ، همچنان چهار دستگاه ساختمان و خانقاها و کاروانسراها و متعلقات مختلف که چون شبستانها جای عبادت جزء مسجد محسوب می شده ، علاوه بر آن ناصر خسرو که اصفهان را در صفر 444 هجری (ژوئن 1052) یعنی یکسال بعد از تصرف شهر بدست طغرل صریحاً ذکر می نماید که مسجد آدینه باشکوهی در مرکز شهر موجود است و در چند سطر بعد اشاره می کند که درون شهر منظره بسیار آبادی داشته و بنای مخروبه مطلقاً در آن دیده نمی شد. از اینقرار معلوم می شود که خرابیهای مورد اشاره یاقوت و ابن اثیر چندان قابل ملاحظه نبوده و تقریباً می توان پی برد قسمتهائی از بنا که با پشت بامهای مسطح پوشیده می گشته ، یعنی سقف تیری داشته ، سقف چوبیشان از بین رفته و دیگر به صورت مزبور وجود نداشته است. بنابراین نه فقط می توان از خود پرسید آیا بر فراز طاقهای رومی که روی ستونهای مسجد قدیم استوار بوده سقفهای ضربی و یا بامهای مسطح تیری قرار داشته بلکه بدلیل آنچه از مساجد نقشه عربی چون تاریخانه دامغان و مسجد جمعه نائین می دانیم می توان تصور نمود که سقف رواقهای یهودیه یعنی مسجد جمعه محتملاً از طاقهای ضربی بود است.